因2003年對陣上海中遠的比賽前賄賂足協裁判判委員會主席張建強，申花在2013年被足協處以2013年扣除6分、罰款100萬元的處罰，申花在2003年獲得的甲A冠軍也被剝奪。
2022年11月23日，中國足協宣布，對未能依規落實欠薪還款的俱樂部進行處罰，上海申花等8支球隊被扣除2022賽季聯賽積分6分。按照足協要求，俱樂部應該在2022年10月31日前解決欠薪不低于總額的70%，然而，包括申花在內的8支球隊未能解決欠薪問題。
2026賽季，申花再次遭到中國足協的處罰，新賽季將被扣除10分，這是申花第三次遭到中國足協的處罰。
博主賣萌誰在行表示，“2026賽季，申花爭冠徹底洗洗睡了。我覺得久事的壓力也卸下來了，畢竟這一次拿不到冠軍，你怪不了他，是在替綠地還債。從此正式翻開嶄新的一頁。”
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